Chức năng: có chức năng tổ chức, chỉ đạo, triển khai và giám sát các hoạt động chuyên môn, kỹ thuật, nghiên cứu khoa học, đào tạo, chỉ đạo tuyến và hợp tác quốc tế về các lĩnh vực xét nghiệm và tư vấn HIV/AIDS, giám sát dịch tễ học HIV/AIDS và theo dõi đánh giá các chương trình HIV/AIDS trên phạm vi cả nước.

Cơ cấu tổ chức:

• Phòng Giám sát dịch tễ học HIV/AIDS
• Phòng Theo dõi và đánh giá HIV/AIDS
• Phòng thí nghiệm Huyết thanh học HIV
• Phòng thí nghiệm Sinh học phân tử HIV

Lãnh đạo:

• Trưởng Khoa: TS. BS. Phạm Hồng Thắng
• Phó Trưởng Khoa: ThS. Nguyễn Thị Thanh Hà

Thành tích:

• Huân chương Lao động hạng ba
• Bằng khen Bộ Y tế
• Tập thể Lao động xuất sắc